Công ty Yến sào Khánh Hòa là doanh nghiệp Nhà nước được thành lập theo quyết định số 78/QĐ-UB ngày 16/01/1993. Đến ngày 26/10/2009, Công ty Yến sào Khánh Hòa chuyển đổi thành theo mô hình Công ty trách nhiệm hữu hạn nhà nước một thành viên 100% vốn nhà nước theo quyết định số 2692/QĐ-UBND của UBND tỉnh Khánh Hòa về việc phê duyệt điều lệ tổ chức và hoạt động của Công ty TNHH Nhà nước một thành viên Yến sào Khánh Hòa.